Omenapuun leikkaus kannattaa ajoittaa heinäkuun loppuun tai elokuun alkuun. Keväällä tai alkukesästä tehty leikkaus saa puun versomaan voimakkaasti. Leikkaus kannattaa tehdä joka vuosi. Tällöin puuta ei tarvitse leikata kerralla liian rajusti. Myös runsas leikkaaminen saa omenapuun versomaan. Ilmava kasvusto saa paljon valoa ja omenapuu kukkii runsaammin, mikä tarkoittaa runsasta satoa.
Vuosittain kannattaa ainakin leikata liian matalalla kasvavat, toisiaan hankaavat, kuolleet ja suoraan ylöspäin sojottavat oksat. Varresta lähtevät versot kannattaa myös poistaa. Lisäksi voi lyhentää liian pitkiksi kasvaneet tai kovin hennot oksat.
Tarkoituksena olisi, että omenapuun oksat kasvaisivat vaakatasossa. Nuoria oksia voi taivuttaa vaakatasoon naruviritelmien avulla. Itse olen kokenut helpommaksi laittaa liian pystyssä kasvaviin oksiin painot roikkumaan. Käytän painoina uudenvuoden tinoja. Ne on helppo solmia narulla roikkumaan puun oksille ja ne ovat juuri sopivan painoisia. Lisäksi ne näyttävät hauskoilta puussa.
Nuoren omenapuun runsas leikkaus saattaa myöhäistää satoikää. Omaa nuorehkoa omenapuutani olen leikannut melko rajusti vuosittain, sillä haluan pitää sen pienenä. Tästä seurauksena on ollut runsas versominen ja onnettomat sadot. Pidän kuitenkin pääni ja leikkaan puuta jatkossakin ronskilla kädellä, jos sen pienenä pitäminen sitä vaatii. Runsaan leikkaamisen lisäksi puun kimppuun pääsivät iskemään citykanit, jotka söivät rungon puolittain paljaaksi ensimmäisenä keväänä istutuksen jälkeen. Myös kirvat ovat massiivisella hyökkäyksellä vallanneet puun joka kesä. Myöhemmin onkin kirvataistelusta tulossa myös raporttia.
Oksa leikataan pois läheltä runkoa, kuitenkin niin, että oksan juuressa oleva paksuuntuma eli oksankaulus jätetään puuhun. Oksasta ei saisi jäädä ikävää tököä runkoon. Omaani olen leikannut välillä vähän sinne päin ja liikaakin. Kun oksasakset alkavat viuhua, en meinaa malttaa lopettaa puun leikkaamista ollenkaan eikä leikkausjälkikään ole aina priimaa. Puu on kuitenkin pysynyt hengissä ja ehkä se tuottaa joskus vielä satoakin.